]> Codon usage statistics (EMBOSS) nucleic:codon usage http://bioweb.pasteur.fr/docs/EMBOSS/chips.html chips &emboss_init; input Input section seqall seqall -- DNA [sequences] (-seqall) perl " -seqall=$value -sformat=fasta" 1 dna 8 seqsfile perl 1 advanced Advanced section cfile cfile [codon usage table name] (-cfile) Ebmo.cut Ebmo.cut Etom.cut Etom.cut Erat.cut Erat.cut Ebsu.cut Ebsu.cut Echicken.cut Echicken.cut Etob.cut Etob.cut Echnt.cut Echnt.cut Eyscmt.cut Eyscmt.cut Ehin.cut Ehin.cut Echmp.cut Echmp.cut Ecal.cut Ecal.cut Evco.cut Evco.cut Epfa.cut Epfa.cut Esty.cut Esty.cut Echk.cut Echk.cut Eaidlav.cut Eaidlav.cut Esgi.cut Esgi.cut Emtu.cut Emtu.cut Ersp.cut Ersp.cut Esco.cut Esco.cut Ebna.cut Ebna.cut Ehuman.cut Ehuman.cut Eacc.cut Eacc.cut Eyeastcai.cut Eyeastcai.cut Eratsp.cut Eratsp.cut Ehma.cut Ehma.cut Erabbit.cut Erabbit.cut Erab.cut Erab.cut Emac.cut Emac.cut Eysc.cut Eysc.cut Emze.cut Emze.cut Espi.cut Espi.cut Epea.cut Epea.cut Ekla.cut Ekla.cut Eeca.cut Eeca.cut Echzmrubp.cut Echzmrubp.cut Eanidmit.cut Eanidmit.cut Esv40.cut Esv40.cut Epsy.cut Epsy.cut Eysc_h.cut Eysc_h.cut Eadenovirus5.cut Eadenovirus5.cut Espo_h.cut Espo_h.cut Eatu.cut Eatu.cut Eneu.cut Eneu.cut Epot.cut Epot.cut Edro_h.cut Edro_h.cut Ephix174.cut Ephix174.cut Epet.cut Epet.cut Ekpn.cut Ekpn.cut Ebme.cut Ebme.cut Ebovsp.cut Ebovsp.cut Esma.cut Esma.cut Etetsp.cut Etetsp.cut Ephy.cut Ephy.cut Exenopus.cut Exenopus.cut Eoncsp.cut Eoncsp.cut Exel.cut Exel.cut Esus.cut Esus.cut Eter.cut Eter.cut Epig.cut Epig.cut Erabsp.cut Erabsp.cut Espu.cut Espu.cut Ef1.cut Ef1.cut Erhm.cut Erhm.cut Emussp.cut Emussp.cut Engo.cut Engo.cut Emus.cut Emus.cut Eppu.cut Eppu.cut Ecre.cut Ecre.cut Esalsp.cut Esalsp.cut Easn.cut Easn.cut Esmi.cut Esmi.cut Eccr.cut Eccr.cut Emva.cut Emva.cut Esynsp.cut Esynsp.cut Espn.cut Espn.cut Etobcp.cut Etobcp.cut Ebja.cut Ebja.cut Ephv.cut Ephv.cut Echi.cut Echi.cut Efish.cut Efish.cut Epombecai.cut Epombecai.cut Eanasp.cut Eanasp.cut Eyen.cut Eyen.cut Ewht.cut Ewht.cut Ehum.cut Ehum.cut Etcr.cut Etcr.cut Emzecp.cut Emzecp.cut Esli.cut Esli.cut Ezebrafish.cut Ezebrafish.cut Emouse.cut Emouse.cut Esoy.cut Esoy.cut Eham.cut Eham.cut Esyhsp.cut Esyhsp.cut Eddi.cut Eddi.cut Emaize.cut Emaize.cut Emixlg.cut Emixlg.cut Eric.cut Eric.cut Esta.cut Esta.cut Eani.cut Eani.cut Epolyomaa2.cut Epolyomaa2.cut Ecac.cut Ecac.cut Eani_h.cut Eani_h.cut Echisp.cut Echisp.cut Ehha.cut Ehha.cut Ecel.cut Ecel.cut Encr.cut Encr.cut Epae.cut Epae.cut Eslm.cut Eslm.cut Ebsu_h.cut Ebsu_h.cut Eysp.cut Eysp.cut Echos.cut Echos.cut Etbr.cut Etbr.cut Edrosophila.cut Edrosophila.cut Erca.cut Erca.cut Ebov.cut Ebov.cut Eyeast.cut Eyeast.cut Emta.cut Emta.cut Epombe.cut Epombe.cut Esmu.cut Esmu.cut Etrb.cut Etrb.cut Ebst.cut Ebst.cut Erme.cut Erme.cut Eath.cut Eath.cut Efmdvpolyp.cut Efmdvpolyp.cut Ectr.cut Ectr.cut Emam_h.cut Emam_h.cut Eadenovirus7.cut Eadenovirus7.cut Ecpx.cut Ecpx.cut Eshpsp.cut Eshpsp.cut Espo.cut Espo.cut Emsa.cut Emsa.cut Eecoli.cut Eecoli.cut Edro.cut Edro.cut Ebly.cut Ebly.cut Eavi.cut Eavi.cut Epse.cut Epse.cut Epvu.cut Epvu.cut Eeco_h.cut Eeco_h.cut Erle.cut Erle.cut Ella.cut Ella.cut Edayhoff.cut Edayhoff.cut Eshp.cut Eshp.cut Emse.cut Emse.cut Ezma.cut Ezma.cut Eddi_h.cut Eddi_h.cut Esau.cut Esau.cut Echzm.cut Echzm.cut Edog.cut Edog.cut Ecrisp.cut Ecrisp.cut Eeco.cut Eeco.cut perl ($value)? " -cfile=$value" : "" 2 sum Sum codons over all sequences (-sum) 1 perl ($value)? "" : " -nosum" 3 output Output section outfile outfile (-outfile) outfile.out perl " -outfile=$value" 4 auto perl " -auto -stdout" 5