# -*- Makefile -*-

CXX = g++
#CXXFLAGS = -O2 -g -Icommon -Wall -Wextra -Winline
CXXFLAGS = -O2 -Icommon -Wall -Wextra
OUTDIR = build
COMMON_DIR = common
FIX_PDB_DIR = fix-pdbfinder
GENBANK_DIR = genbank-to-fasta
NR_DIR = nr-to-fasta
NT_DIR = nt-to-fasta
PDB_DIR = pdb-to-fasta
UNIMES_DIR = unimes-to-fasta
UNIPROT_DIR = uniprot-to-fasta
UNIREF_DIR = uniref-to-fasta

COMMON_OBJS = $(OUTDIR)/FastaWriter.o \
              $(OUTDIR)/GzipReader.o \
              $(OUTDIR)/Parser.o \
              $(OUTDIR)/SystemError.o

FIX_PDB_OBJS = $(OUTDIR)/FixPdbFinder.o \
               $(OUTDIR)/PdbFinderWriter.o \
               $(OUTDIR)/PdbSeqresParser.o

GENBANK_OBJS = $(OUTDIR)/GenbankParser.o \
               $(OUTDIR)/GenbankToFasta.o

NR_OBJS = $(OUTDIR)/NrParser.o \
          $(OUTDIR)/NrToFasta.o

NT_OBJS = $(OUTDIR)/NtParser.o \
          $(OUTDIR)/NtToFasta.o

PDB_OBJS = $(OUTDIR)/PdbFinderParser.o \
           $(OUTDIR)/PdbToFasta.o

UNIMES_OBJS = $(OUTDIR)/UnimesParser.o \
              $(OUTDIR)/UnimesToFasta.o

UNIPROT_OBJS = $(OUTDIR)/UniprotParser.o \
               $(OUTDIR)/UniprotToFasta.o

UNIREF_OBJS = $(OUTDIR)/UnirefParser.o \
              $(OUTDIR)/UnirefToFasta.o

all: fix-pdbfinder genbank-to-fasta nr-to-fasta nt-to-fasta pdb-to-fasta unimes-to-fasta uniprot-to-fasta uniref-to-fasta

$(OUTDIR):
	mkdir -p $(OUTDIR)

$(OUTDIR)/%.o: $(COMMON_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(FIX_PDB_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(GENBANK_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(NR_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(NT_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(PDB_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(UNIMES_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(UNIPROT_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

$(OUTDIR)/%.o: $(UNIREF_DIR)/%.cpp
	$(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<

fix-pdbfinder: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(FIX_PDB_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/fix-pdbfinder -lz $(COMMON_OBJS) $(FIX_PDB_OBJS)

genbank-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(GENBANK_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/genbank-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(GENBANK_OBJS)

nr-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(NR_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/nr-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(NR_OBJS)

nt-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(NT_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/nt-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(NT_OBJS)

pdb-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(PDB_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/pdb-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(PDB_OBJS)

unimes-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(UNIMES_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/unimes-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(UNIMES_OBJS)

uniprot-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(UNIPROT_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/uniprot-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(UNIPROT_OBJS)

uniref-to-fasta: $(OUTDIR) $(COMMON_OBJS) $(UNIREF_OBJS)
	$(LINK.cpp) -o $(OUTDIR)/uniref-to-fasta -lz $(COMMON_OBJS) $(UNIREF_OBJS)

clean:
	rm -rf $(OUTDIR)

clean-emacs:
	find . -type f -name *~ -exec rm -f {} \;